La mission essentielle du Conservatoire de l'île d'Ouessant est la protection, la sauvegarde et le développement d'une abeille dont la particularité est l'absence d'hybridation (introgression). Cette situation sanitaire exceptionnelle est favorisée par l'éloignement de l'île et par des arrêtés municipaux interdisant l'introduction d'abeilles venant du continent et de matériel apicole déjà utilisé.
L'abeille d'Ouessant vit sur un site naturel où elle dispose d'une alimentation diversifiée, sans contact avec des produits phytosanitaires (pesticides) puisqu'il n'y a pas de culture intensive sur l'île. Les caractères biologiques de cette abeille intéressant la recherche scientifique (témoin blanc), une mission du Conservatoire consiste à solliciter et accompagner une collaboration régulière avec la recherche scientifique apicole.
Le conservatoire élève des reines à destination de l'apiculture continentale pour réactiver la diversité génétique de l'abeille noire. L'Association des Conservatoires de l'Abeille Noire Bretonne, qui coordonne les activité du conservatoire, participe aux différentes manifestations bretonnes afin de sensibiliser le public.
Une exposition itinérante participe également à la circulation de l'information en Bretagne et même hors de la région.